জানাজা ও দাফনে রাজনৈতিক, সামাজিক সংগঠনের নেতা-কর্মী, শিক্ষার্থী, তার হাতে গড়ানো প্রতিষ্ঠানের কর্মকর্তা ও কর্মচারীসহ কয়েক হাজার মানুষ অংশ গ্রহণ করেন।এর আগে বৃহস্পতিবার (১৩ এপ্রিল) সন্ধ্যা ৬টা ৪০ মিনিটে সাভারের গণস্বাস্থ্য কেন্দ্রে ফ্রিজার ভ্যানে বীর মুক্তিযোদ্ধা ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর মরদেহ পৌছে। শুক্রবার সকাল ১০টা টার দিকে সকলকে শ্রদ্ধা জানানোর সুযোগ দেওয়া হয়। জুম্মার নামাজের আগ পর্যন্ত বিভিন্ন শ্রেণীপেশার মানুষ তাকে শ্রদ্ধা নিবেদন করেন।
ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর ছেলে বারিক চৌধুরী বলেন, ‘আমার মরহুম বাবার সাথে কারও কোন লেনদেন যদি থেকে থাকে কিংবা কেউ কিছু পেয়ে থাকলে তারা যেন আমার পরিবারের সাথে যোগাযোগ করেন।’ তিনি বলেন, আমার বাবা মেডিকেল সায়েন্সের কল্যাণে দেহ দান করে যেতে চেয়েছিলেন। আমরা বাবার স্বপ্ন পূরণের চেষ্টা করেছিলাম। আমরা প্রতিষ্ঠিত দু’টি প্রতিষ্ঠানে যোগাযোগ করেছিলাম। কিন্তু তারা বাবাকে অনেক শ্রদ্ধা করেন। তারা বলেছেন আমার বাবার শরীরে কেউ ছুরি চালাতে পারবেনা। শ্রদ্ধার জায়গা থেকে তারা বলেছে। এমন সময়ও আমরা আমাদের চেষ্টা চালিয়েছি।
দাফন শেষে ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর আত্মার মাগফেরাত কামনায় দীর্ঘ মোনাজাত করা হয়।এর আগে ধানমন্ডির বাসভবনে প্রথম ও ঢাকা মেডিকেল কলেজ (ঢামেক) হাসপাতালে দ্বিতীয়, শহীদ মিনারে ও রাজধানীর সোহরাওয়ার্দী উদ্যানে ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর চতুর্থ জানাজা অনুষ্ঠিত হয়।